Creen una eina més ràpida, barata i eficaç per a cartografiar el genoma

Investigadors de la Universitat d'Harvard, del Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica i del Centre de Regulació Genòmica (CRG) han desenvolupat una nova eina que permet cartografiar el genoma de forma més ràpida, barata i eficaç: «És com passar dels primers mòdems a la fibra òptica».

Tal com ha informat el CRG, es tracta de la primera tecnologia capaç de visualitzar centenars -i, potencialment, milers- de genomes alhora sota un mateix microscòpic amb imatges més econòmiques, ràpides i que augmenten la cobertura de visibilitat en comparació amb els mètodes disponibles actualment.

«Fins ara era impossible veure una gran quantitat de gens diferents alhora en un microscòpic», ha assenyalat el coautor de l'estudi Marc A. Martí-Renom, qui ha explicat que, per a aconseguir-ho, s'han combinat tecnologies de seqüenciació ja existents de manera «intel·ligent».

«És com passar de la velocitat dels antics mòdems de connexió a internet a la fibra òptica i pagant quaranta vegades menys», ha asseverat sobre la denominada OligoFISSEQ.

Obtenir imatges 3D de més d'un grup de gens alhora ha limitat fins ara la capacitat dels investigadors per a entendre com funcionen els genomes, ja que la seva complexitat i dinamisme constant els fa difícils de visualitzar.

Una de les formes més comunes d'estudiar el genoma és mitjançant l'ús d'hibridació fluorescent in situ (FISH), una tècnica que utilitza sondes fluorescents per a marcar la presència o absència de seqüències d'ADN específiques en els cromosomes i gràcies a la qual els científics poden entendre com es divideixen les cèl·lules, entre altres.

Desenvolupada per primera vegada en la dècada de 1980, la FISH és una tecnologia antiga que permet visualitzar pocs gens simultàniament, mentre que altres mètodes més nous poden generar imatges de genomes a alta resolució però cartografien un nombre limitat de regions o cromosomes alhora.

Per això, la nova eina desenvolupada pels investigadors supera els esmentats límits i s'ha pogut emprar per a crear mapes tridimensionals de 66 objectius genòmics a través de sis cromosomes en centenars de cèl·lules.

Els científics també han emprat la nova eina OligoFISSEQ per a cartografiar 46 regions al llarg del cromosoma X humà i la major resolució va revelar nous patrons en la forma com el genoma s'organitza.

«La resolució d'OligoFISSEQ té un enorme potencial per a llançar nova llum sobre patrons que no podíem veure fins ara. Gràcies a la cobertura que proporciona per a estudiar el genoma, és molt adequat per a detectar el que pot semblar un canvi menor, aparentment sense importància en una part del nucli, però que pot tenir un efecte papallona en un altre lloc», ha conclòs Martí-Renom.