Desenvolupen una eina en línia per predir l'impacte de les mutacions del SARS-CoV-2

Investigadors de l'Hospital del Mar afirmen que la base de dades també pot ajudar a predir l'afectació en les vacunes

Un antigen del grup sanguini A atrau particularment al coronavirus. — Confirmen que el coronavirus és més agressiu amb gent que té un tipus de sang específicPixabay

Publicat per

Creat: 14.12.2021 | 08:31

Actualitzat: 14.12.2021 | 08:31

Un grup d'investigadors de l'Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques (IMIM-Hospital del Mar) han desenvolupat una base de dades en línia que permet predir l'impacte de les mutacions del SARS-CoV-2 en les proteïnes que en formen part. Es tracta de la base de dades SCoV2-MD i conté informació detallada, a nivell atòmic, dinàmic i en tres dimensions, de totes les proteïnes amb estructura tridimensional coneguda d'aquest coronavirus. En total, conté 360 gigabits de dades sobre la majoria de les 29 proteïnes que en formen part: quatre d'estructurals, setze de no-estructurals i nou d'accessòries. La base de dades permet predir l'evolució de les mutacions i, fins i tot, els efectes sobre els anticossos de la vacuna.

L'eina permet conèixer amb un grau de detall «mai vist» l'estructura de la proteïna espiga i el seu funcionament, així com predir la seva evolució al llarg de les diferents mutacions que ha patit i patirà el virus.

Les proteïnes són molècules bàsiques en el funcionament de les cèl·lules. En el cas del SARS-CoV-2, són les responsables de la seva capacitat d'infectar els éssers humans, així com de la seva propagació. És el cas de l'anomenada proteïna espiga, que forma la característica corona que dona el seu nom a aquest tipus de virus. La nova base de dades, impulsada pel Grup de descobriment de fàrmacs basats en GPCRs de l'Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques (IMIM-Hospital del Mar), en col·laboració amb el Biophysics Institute (CNR-IBF) del National Research Council d'Itàlia, el Paul Scherrer Institute de Suïssa i Dompé Farmaceutici d'Itàlia.

Aquesta nova eina està disponible per a qualsevol investigador, en línia i de forma gratuïta. En connectar-se, poden veure l'estructura de les proteïnes del SARS-CoV-2 a nivell atòmic, gràcies a l'anàlisi realitzat pels creadors de la base de dades a partir de la informació generada per ells mateixos i la disponible a diferents repositoris públics. Per fer-ho, s'han fet servir eines computacionals de simulació de la dinàmica molecular, que permeten fer prediccions de com cada àtom de la proteïna actuarà seguint les lleis de la física, per a construir així un model tridimensional del comportament d'aquesta molècula. Les simulacions acumulades, 252 en total, també preveuen l'impacte de les mutacions conegudes del coronavirus sobre les proteïnes.

Aquesta nova eina també pot ajudar els investigadors a desenvolupar nous tractaments i vacunes contra la covid. Els investigadors expliquen que fins i tot facilita la possibilitat de predir si les mutacions del coronavirus poden afectar la capacitat dels anticossos que formen les vacunes contra la covid per reconèixer el virus i activar el sistema immunitari contra ell.