Crean una herramienta más rápida, barata y eficaz para cartografiar el genoma

Investigadores de la Universidad de Harvard, del Centro Nacional de Análisis Genómica y del Centro de Regulación Genómica (CRG) han desarrollado una nueva herramienta que permite cartografiar el genoma de forma más rápida, barata y eficaz: «Es como pasar de los primeros módems a la fibra óptica».

Tal como ha informado el CRG, se trata de la primera tecnología capaz de visualizar centenares -y, potencialmente, miles- de genomas a la vez bajo un mismo microscópico con imágenes más económicas, rápidas y que aumentan la cobertura de visibilidad en comparación con los métodos disponibles actualmente.

«Hasta ahora era imposible ver una gran cantidad de genes diferentes a la vez en un microscópico», ha señalado el coautor del estudio Marc A. Martí-Renom, quien ha explicado que, para lograrlo, se han combinado tecnologías de secuenciación ya existentes de manera «inteligente».

«Es como pasar de la velocidad de los antiguos módems de conexión a internet a la fibra óptica y pagando cuarenta veces menos», ha aseverado sobre la denominada OligoFISSEQ.

Obtener imágenes 3D de más de un grupo de genes a la vez ha limitado hasta ahora la capacidad de los investigadores para entender cómo funcionan los genomas, ya que su complejidad y dinamismo constante los hace difíciles de visualizar.

Una de las formas más comunes de estudiar el genoma es mediante el uso de hibridación fluorescente in situ (FISH), una técnica que utiliza sondas fluorescentes para marcar la presencia o ausencia de secuencias de ADN específicas en los cromosomas y gracias a la cual los científicos pueden entender cómo se dividen las células, entre otros.

Desarrollada por primera vez en la década de 1980, la FISH es una tecnología antigua que permite visualizar pocos genes simultáneamente, mientras que otros métodos más nuevos pueden generar imágenes de genomas a alta resolución pero cartografían un número limitado de regiones o cromosomas a la vez.

Por eso, la nueva herramienta desarrollada por los investigadores supera los mencionados límites y se ha podido emplear para crear mapas tridimensionales de 66 objetivos genómicos a través de seis cromosomas en centenares de células.

Los científicos también han empleado la nueva herramienta OligoFISSEQ para cartografiar 46 regiones a lo largo del cromosoma X humano y la mayor resolución reveló nuevos patrones en la forma cómo el genoma se organiza.

«La resolución de OligoFISSEQ tiene un enorme potencial para lanzar nueva luz sobre patrones que no podíamos ver hasta ahora. Gracias a la cobertura que proporciona para estudiar el genoma, es muy adecuado para detectar lo que puede parecer un cambio menor, aparentemente sin importancia en una parte del núcleo, pero que puede tener un efecto mariposa en otro sitio», ha concluido Martí-Renom.