Desarrollan una herramienta en línea para predecir el impacto de las mutaciones del SARS-CoV-2

Investigadores del Hospital del Mar afirman que la base de datos también puede ayudar a predecir la afectación en las vacunas

Un antígeno del grupo sanguíneo A atrae particularmente en el coronavirus. — Confirman que el coronavirus es más agresivo con gente que tiene un tipo de sangre específicoPixabay

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ACN

Creado: 14.12.2021 | 08:31

Actualizado: 14.12.2021 | 08:31

Un grupo de investigadores del Instituto Hospital del Mar de Investigaciones Médicas (IMIM-Hospital del Mar) han desarrollado una base de datos en línea que permite predecir el impacto de las mutaciones del SARS-CoV-2 en las proteínas que forman parte. Se trata de la base de datos SCoV2-MD y contiene información detallada, a nivel atómico, dinámico y en tres dimensiones, de todas las proteínas con estructura tridimensional conocida de este coronavirus. En total, contiene 360 gigabits de datos sobre la mayoría de las 29 proteínas que forman parte: cuatro estructurales, dieciséis no estructurales y nueve de accesorias. La base de datos permite predecir la evolución de las mutaciones e, incluso, los efectos sobre los anticuerpos de la vacuna.

La herramienta permite conocer con un grado de detalle «nunca visto» la estructura de la proteína espiga y su funcionamiento, así como predecir su evolución a lo largo de las diferentes mutaciones que ha sufrido y sufrirá el virus.

Las proteínas son moléculas básicas en el funcionamiento de las células. En el caso del SARS-CoV-2, son las responsables de su capacidad de infectar a los seres humanos, así como de su propagación. Es el caso de la llamada proteína espiga, que forma la característica corona que da su nombre a este tipo de virus. La nueva base de datos, impulsada por el Grupo de descubrimiento de fármacos basados en GPCRs del InstitutHospital del Mar d'Investigacions Médiques (IMIM-Hospital del Mar), en colaboración con el Biophysics Institute (CNR-IBF) del National Research Council de Italia, el Paul Scherrer Institute de Suiza y Dompé Farmaceutici de Italia.

Esta nueva herramienta está disponible para cualquier investigador, en línea y de forma gratuita. Al conectarse, pueden ver la estructura de las proteínas del SARS-CoV-2 a nivel atómico, gracias al análisis realizado por los creadores de la base de datos a partir de la información generada por ellos mismos y la disponible en diferentes repositoris públicos. Para hacerlo, se han utilizado herramientas computacionales como simulación de la dinámica molecular, que permiten hacer predicciones de cómo cada átomo de la proteína actuará siguiendo las leyes de la física, para construir así un modelo tridimensional del comportamiento de esta molécula. Las simulaciones acumuladas, 252 en total, también prevén el impacto de las mutaciones conocidas del coronavirus sobre las proteínas.

Esta nueva herramienta también puede ayudar a los investigadores a desarrollar nuevos tratamientos y vacunas contra la covid. Los investigadores explican que incluso facilita la posibilidad de predecir si las mutaciones del coronavirus pueden afectar a la capacidad de los anticuerpos que forman las vacunas contra la covid para reconocer el virus y activar el sistema inmunitario contra él.